La PTI-ECOBIODIV tiene como misión la construcción de una plataforma de ciencia abierta de publicación e integración de datos de biodiversidad y ambientales, con capacidades básicas de análisis y de desarrollar laboratorios virtuales (con capacidades avanzadas de análisis, síntesis y predicción) sobre la misma. 

Guiada por los principios de sostenibilidad e impacto social, la PTI-ECOBIODIV es también un instrumento de coordinación para identificar, fomentar y facilitar colaboraciones interinstitucionales, tanto con otros entes públicos (administraciones, universidades, parques nacionales, etc.), como con el sector privado.